Keskuspuhdistamon tavoitteena on, että hajua aiheutuu ympäristöön mahdollisimman vähän. Puhdistamon ja biokaasulaitoksen toiminnassa muodostuvat hajukaasut käsitellään aktiivihiilisuodattimella tai muulla soveltuvalla menetelmällä. Käsittelyn jälkeen hajukaasut johdetaan poistoilmapiippuun. Laitteistojen huolellinen valinta, huolto ja kunnossapito hoidetaan siten, että hajunpoisto toimii kaikissa tilanteissa. Näin varmistetaan, että hajuhaittaa ei ympäristöön aiheudu.